2099년의 네오시티에 도착한 도도 일행은 항구에서 벌어진 로봇들의 대반란 현장을 목격하며 큰 충격에 휩싸인다. 정체불명의 거대 로봇 베르가모트의 공격으로 위기에 몰린 순간, 애드먼드의 전함 <승리호>의 활약으로 가까스로 목숨을 건지나 네오시티에는 암울한 전운이 감돈다. 곧이어 공격이 도시 전체로 확산되고, 애드먼드는 미래를 예견하신 조부모님을 떠올리며 비장한 각오를 다진다. 한편 도도 일행을 뒤따라 네오시티에 도착한 듀얼과 무영, 아리엘은 로봇 오버로드 군단에 쫓기고 있는 사람을 발견하고 로봇 군단과 정면으로 맞서게 되는데....!